故事就是《神秘世界》的灵魂。受神话，坊间传说，童话故事和真实的历史所影响，故事为游戏中玩家进行的一切提供内容：从任务到副本，从玩家pvp战斗到遭遇的怪物。一切都来源于我们的故事，游戏在各方面都在给玩家讲述故事。
在《神秘世界》中，我们希望玩家能够去发现故事。希望玩家能够挖掘，持续关注，将一个个碎片拼接，能够看到故事的内涵，充满个性的角色，和刺激的叙事。
首先，每个关键任务都是从全程配音和动作捕捉的过场开始，建立场景和角色。过场剧情会着重在特性描述和氛围创造上，也会含有之后任务的一些线索。所有的任务，除了主线故事任务，都可以随意排序，玩家能够按照自己的意愿和顺序来发掘剧情。
其次，通过探索，玩家将可以找到分布在游戏世界各地的故事。各种的资料可以在许多地方找到，许多的故事组合起来就是一篇完整的小说，玩家可以收集这些资料组合出一份完整的背景故事，获得奖励。
第三，玩家可以和NPC角色对话，获知他们的个人故事以及他们的经历和个性，为更大的故事埋下线索，玩家甚至能够知道一些关于神秘世界的有趣和出彩的要素。
最后也是最重要的，故事在游戏机制上占据了很大部分。每个怪物，每个地点，每种玩家能力，武器和魔法，它们都是故事的一部分，谜题的一部分。当玩家发现Kingsmouth的丧尸们非常喜欢汽车笛声，他们就会得知这些不死生物的习性。当他们观察Draug入侵Kingsmouth的港口，就会知道是这些水生生物将Solomon 岛上的居民们变成了丧失自我意志的怪物。当玩家渗透进Transylvania的吸血鬼要塞，躲过里面的守卫和它们的魔法护卫者，他们会发现深藏其中的高智慧所在，这也是神秘世界中级黑暗的一处线索。游戏的故事遍布各地，善于观察的玩家将会发现更多的谜题线索并将它们拼接在一起。
在神秘世界里，一切皆真实，一切都是故事的一部分。
