《晴空物语Online》一开始的故事在描述位于世界中心的两块大陆，南北大陆所发生的战事。原本在南方大陆和平安乐生活的五个种族，森之国：灵兔族、砂之国：果乐族、岭之国：麒麟族，雪之国：月狐族与火之国：玄狮族，在某一天突然遭受来自于北方大陆军队的攻击，而面对这突然无预警的攻击，南方的各国家也一一地失守，节节败退到最南端的森之国，而这场战争也深深地影响了这两块大陆的所有种族国家…。
而在所有人失去希望的时候，七位来自于不同种族的英雄聚集在一起，将带领着玩家所扮演的角色抵抗北方的军队，并誓言要让弥漫烟硝战火的南方大陆，重新回复光明晴朗的天空。
