游戏背景年代记
公元前210年，赵高、李斯假传遗诏，胡亥即位，是为秦二世。
公元前209年，李斯奉胡亥之命，假立罪名欲逼死扶苏。
公元前209年7月陈胜、吴广起义。
公元前208年，赵高诬陷李斯谋反，李斯被处以腰斩。
公元前208年，赵高中玩家假道伐虢之计，被胡亥处死。
公元前207年，假想年代，楚汉势力、玩家势力与胡亥势力公然对决。
嬴政驾崩，长子扶苏正被他流放到北疆，与将军蒙恬驻守在云州对抗匈奴和修建长城,十八子胡亥根据遗诏即位。登基之后，胡亥昏庸且暴政更甚于嬴政，不顾国力组织大量人力修建帝陵，建造阿房宫，北伐匈奴，广造长城，南灭百越，引起天怒人怨，各地灾害异象不断，妖兽出没，百姓苦不堪言。
云州是原赵国北部领地，经历了战乱和短暂的统一，如今正面临匈奴的侵略。
玩家原是神话时代后羿的族人，在秦统一时代村庄被毁，族人为躲避战争纷纷逃往各地。流亡途中父亲死于乱军，主角便随母亲一路北迁至此定居，不久后母亲病故。从小由村中无名大叔照顾并传授武艺和知识。如今目睹周边村庄遭到匈奴烧杀掠夺，决心投身入乱世对抗匈奴。恰逢李斯欲带军前往雁门关会见扶苏、蒙恬，军队驻扎在附近，主角决心加入秦军对抗外敌。
秦二世胡亥将扶苏视为眼中钉，欲除之，而臣相李斯与大奸臣赵高同流合污，李斯此行正是要找借口将扶苏问罪处死。
李斯军一驻扎到云州郡府，就立刻解除了蒙恬的兵权将扶苏幽禁在行宫中，并命玩家征伐匈奴军收集扶苏谋反的证据。在玩家找到了扶苏欲放匈奴大军进关内攻秦确凿证据后，李斯发布诏令宣判扶苏谋反之罪，并命玩家带毒酒前去找扶苏赐死。得知消息的蒙恬带领亲兵占领了行宫保护扶苏，玩家与他们展开了恶战。
在行宫里，玩家遇到一个疯狂屠杀的妖魔，自称妖将豹。与豹进行了苦战将其消灭。
最后，正在玩家打败了蒙恬和扶苏时，一个自称洛神宓妃的神秘女子出现制止了玩家。她告诉玩家嬴政没有死，而是用河图洛书把自己变成了尸仙。他在暗中操控胡亥实行暴政来维持自己灵体不灭，并在暗中收集冤魂灌入兵马俑来制造不死的阴兵准备扩大征战势力，还准备了违背天规的还魂之术准备复生。而扶苏了解到了部分真相，表面上没离开云州，却在暗里掉包偷出了河图，但恐怕再过不久秦始皇就会发现。更令人担忧的是秦始皇的背后还有更大的阴谋，为了天下苍生，她要把扶苏带走，并且希望玩家能在时机成熟时对抗黑暗势力。
宓妃拿出法宝八卦施法伪造了蒙恬和扶苏的收集交给玩家。
秦国民众不满四起，终于爆发叛乱。以陈胜吴广为首的义军打着为扶苏正名的名号在大泽乡起义，很快得到民众响应，战局相持不下。李斯和赵高一面稳住秦二世，一面派遣兵力镇压。
玩家随李斯军前往大泽乡镇压叛乱，发现很多村庄被来历不明的魔物和会动的土俑（兵马俑）袭击。一边与反叛军作战，一边消灭魔物，不久便攻入了陈胜吴广的义军据点。
在据点内冲破反叛军防线后到达了主营，在这里遭遇了妖将虎的袭击及其率领的大量阴兵。将其击毙后发现陈胜已死，吴广临死前说出了发现阴兵是用活人灵魂制造，妖将幕后是奸臣赵高的情报，并且告诉玩家扶苏的下落，让玩家去找扶苏。
除扶苏，平叛军两件大功完成，李斯得意回朝，但他万万没想到扶苏蒙恬的首级是伪造的这事被胡亥发现了。当他把玩家引荐给秦二世胡亥时，胡亥大怒，将李斯的兵权指派给了赵高，贬李斯去负责修缮皇陵。赵高接过了玩家的指挥权，但他对玩家杀扶苏一事仍存有怀疑，因此他用各种刁钻任务试探玩家的忠诚。
实际上扶苏和蒙恬已经偷偷的来到了咸阳，通过吴广交代的联系方式，玩家找到了扶苏。扶苏向玩家道出了惊人事实，秦始皇并没有真正的死：
事情起源于秦始皇在统一六国之后，他寻求长生不死时得到了两件上古之神的宝物-河图洛书，它们拥有主宰万物生存和颠覆阴阳之力，可以通过它们得到永生不死，死者返魂的能力，而这力量的来源就是灵魂，特别是带有强烈意念的灵魂。为此，秦始皇开始了暴政，焚书坑儒，吸收着充斥全国的暴戾冤魂，使他获得了异常的神格。最后在巡游沙丘途中，肉身无法承受，暴卒后尸解成邪仙。为了维持灵体不灭，他操纵着秦二世加强暴政，收集着冤魂，准备通过借用亲生儿子子婴的肉身来复活获得永生，这后半部分扶苏是通过洛神了解到的。
而扶苏在秦始皇在生时就察觉到了父亲的异样，并且不断谏言规劝父亲，因此杵逆了秦始皇，被发配至北疆，名为抗匈奴修长城实则流放。但他并没有放弃，而是暗中进行了调查，终于得知河图洛书的存在。他认为是河图洛书操纵了父亲，因此在得到父亲死讯时，他命亲信把河图调包带出了咸阳宫。
扶苏认为，胡亥本性并非残暴之人，如今局势虽说是有秦始皇操纵，但也与身边李斯、赵高两个大臣的教唆不无关系。当务之急是要把胡亥身边的奸臣除掉，让他无法被谗言影响，同时解除河图洛书的异能，让父亲回归天命，则胡亥必能回到常性，不然则大秦势危。而如今扶苏无法出面，唯有靠玩家的实力力来实行假道伐虢的计谋，先借赵高之手铲除李斯，再想办法除掉赵高。
为此，玩家唯有先取得赵高的信任，之后虽然赵高出了不少难题，但在扶苏的出谋划策下都得以化解。
玩家得到赵高的信任后游走于赵高、李斯、胡亥之间，花费了一番功夫，终于使赵高觉得李斯记恨着赵高并准备伺机报复。最后玩家力劝赵高写下公文密令，正式委任玩家暗中潜入李斯驻守的皇陵，寻找李斯勾结扶苏的罪状。
从扶苏这里也得到了情报，秦始皇正在皇陵中，子婴也关在里面，并且皇陵是制造阴兵的基地。
玩家借赵高密令潜入皇陵破坏，与李斯守军交战并与兵马俑战斗，消灭了李斯。在制造阴兵的密室里消灭了驻守的妖将熊，最后与成为尸仙的秦始皇战斗并把他元神打散，得到了洛书，并且救出了子婴。
完成这一切后，玩家将赵高入侵皇陵的密文献给了胡亥，胡亥闻言大怒，下令将赵高处以车裂之刑。
所有的事情都处理妥当后，扶苏表示要与胡亥面谈，希望玩家牵线。
玩家到达了洛神的所在地，发现洛神已经被打倒，此时胡亥出现袭击玩家。在偶然触发河图洛书的力量下，玩家打跑了胡亥，洛神告知玩家所有内情。
原来秦始皇尸解前召唤出的正是河图洛书的主人，上古神帝俊。因人类篡改帝俊的功德触怒了帝俊，因此他联合了诸多主张灭世的邪神造出妖魔鬼怪并引发天地剧变，意欲灭绝世间万物。而另一个创世神伏羲则不愿意看见世界被帝俊毁灭，便同妹妹女娲联手对抗帝俊。双方相持数千年，最后伏羲女娲联手将仙界诸神封印，把帝俊等邪神幽禁在自己和诸神的梦境里保住了世界。但是一部分比较弱小的邪神逃过了此术，帝俊也并没有被完全封住，他的法宝河图洛书流落到了世间。在秦始皇寻求不老不死之道时找到了河图洛书，并释放出了帝俊的儿子季狸。季狸本欲操控秦始皇实行暴政制造血煞天劫，但没料到吸收了大量怨灵力量的秦始皇反过来将他镇住强行将他关在胡亥的精神内，并利用血煞将自己修炼成了尸仙，直到玩家打败秦始皇使季狸得到了解放，回复了妖力，完全控制了胡亥。
洛神将法宝八卦交给玩家，告诉他这是父亲伏羲参悟河图洛书后制造的调和宝物。因此对于河图洛书来说可以起到封印作用，但是需要极强的自然之灵地来将河图洛书分头封印。
赤焰火山位于距离秦国遥远的西方，熔岩活跃，火山常年喷出浓烟，方圆数百里寸草不生。但是火山地带贫瘠的环境却使当地的生物凶暴异常，而且大多身具异能，以上种种使其被当地人列为禁地不敢涉足。而其正中心最大的火山口正是具有此世最精纯火之灵气的封印之地。玩家与项少龙一行人正准备来到此地进行洛书的封印。
而胡亥季狸正处心积虑的要夺回河图洛书取回嬴政寄存在内巨量的血煞之力，因此派遣了大量秦军在半途拦截拖延时间，又调遣了各种妖魔在火山群中伏击项少龙一行。
当他们冲破阻挡来到封印地时却发现了意料之外的人，不甘落后的项宝儿（项羽）偷偷前来并打倒了守卫封印地的魔头，就在主角准备就地进行封印时，狡诈的魔头显出真身抢夺洛书。混战之中洛书遭到了破坏，血煞之力震死了魔头后玩家和项宝儿各自被迫吸取了一半。在这力量的影响下玩家的修为大增，但项宝儿却被其中的煞气影响突破了时空的限制，与各个时间点的西楚霸王项羽发生了共振成为了半魔之人，在知道自己的结局后他对玩家和项少龙产生了猜忌，不顾玩家的劝阻奋然离去。
玩家在火山封印洛书失败，虽然碰巧把洛书中的血煞之力都吸收了，但是世界仍持续崩坏中这劣势并没有变化，因此必须封印剩下的河图切断邪神帝俊的影响。而拥有纯净之水灵气的封印之地就在旧楚国南部的一座孤岛上。
南方孤岛（名称待定）是一个被蔚蓝海洋包围的热带小岛，由于没有人类踏足于此加上地理条件得天独厚，岛上的动植物都呈现原始风貌，拥有很多闻所未闻的物种。岛的中心有一个小型的天然湖泊，这湖泊正是孕育着最纯净的水之灵气的另一个封印之地。
另一方面，心知毫无退路的胡亥季狸不顾自己真元受损尚未恢复，放出了自己的元神（一只带有狸猫特征的怪鸟）带上了所有残存在人间的高阶邪神和妖魔来到岛上抢夺河图。经过连番恶战后，项少龙和玩家一行到达封印之地开始了封印工作，并且和闻讯赶至的胡亥进行了战斗，眼看就要打败胡亥季狸的元神时，收存在河书里的血煞之力突然暴走并制住了玩家和胡亥季狸元神，嬴政悠然出现并将季狸的元神及河图中被水之灵气增幅后的血煞之力一并吸收，正在他要杀死玩家的时候项少龙出现救下了玩家并且试图说服嬴政。而嬴政却不为其所动并说出了自己在得到河图洛书后窥探到了仙魔之战等上界的事，真正的追求并不是自己的不老不死，而是建立永恒不死的大秦帝国，一统人神魔三界，为此不惜利用帝俊牵制诸仙，以及牺牲全世界的人类，说完后嬴政便丢下众人扬长而去。
如今的形式却更为不妙，河图洛书吸收并释放出了血煞之力，而且封印相继失败，帝俊的元气得到了回复，恐怕不久就会突破伏羲的封印而出，一场跨越人神魔三界的大混战一触即发。如今谁也无法想象今后世界的发展和人类的命运会走向何方，唯一值得安慰的是当邪神复活时诸仙也会醒来。项少龙等人决定先悄悄回到咸阳与扶苏等人汇合思量对策。
在咸阳城与众人见面后整理了一下现况。大家都觉得距离邪神冲破封印恐怕还有一段时间，在此之前需要先要做好全面对抗邪神帝俊的准备工作。如今胡亥季狸已经元气大伤，暂时无法行动，可以不必理会。而魔君嬴政夺得了近半血煞之力后隐匿了行踪，恐怕一时半会也无法找到，吸收了小半血煞之力的项宝儿也下落不明。反而到是吸收了吸收了剩余血煞之力的玩家比较值得担心，若是放任不管迟早会受血煞魔气的影响而性情大变。因此项少龙提议各人分头行动，由扶苏和蒙恬暗中组织义军对抗胡亥的秦军，由滕翼带领项家山庄势力搜寻嬴政和项宝儿的下落，而他和洛神去尝试化解玩家身上的血煞魔气。先天八卦本可驱除血煞魔气，但一来人间界灵气过于稀薄，二来其主人伏羲目前处于休眠中，先天八卦无法发挥异能，因此洛神提议去更靠近伏羲封印邪神的幻境之森来激活先天八卦的力量。
幻境之森并不存在于世界上任何一个地方，是梦境与现实的交界处。虽然外表看似景色艳丽和谐安宁，但其实凶险万分，处处暗藏杀机，森林里不但潜伏着各种危险生物和异态的妖魔，而更可怕的是每个人都会被幻像所迷惑而对面临的危险丝毫不觉，普通人若是误入于此就再也回不去了。
项少龙一行来到幻境之森后，洛神发现这里已经有很大的变化，谁也不知道发生了什么事，为了以防万一，她把先天八卦交给了玩家保管。项少龙一行一边与怪物战斗一边搜索，越是接近中心怪物越是强大，种种迹象表明，邪神帝俊的黑暗力量正在侵蚀这里。
来到森林中心后先天八卦感应到了伏羲的存在开始发挥效力，将玩家身上的血煞转化为先天罡气使玩家的修为更上一层楼。正在项少龙一行人庆幸的时候，空间中出现了一个黑暗裂隙，一个极为强大的魔神现身于众人面前。虽然众人打倒了魔神，但彼此心里都很清楚，从封印中渗透出的黑暗势力已经进化到更强的一个阶段了，恐怕外界会有更糟糕的局势发生。
回到咸阳后得知包含扶苏、蒙恬联军在内，共有朝阳，空桑、青丘、日照个势力宣称独立成国，而项羽自领一军正在攻打秦国，霎时间天下大乱。
原来秦始皇尸解前召唤出的正是河图洛书的主人，上古神帝俊。
帝俊本是第一代天帝，十个太阳的父亲。但五帝中的尧帝教唆了他的另一个儿子后羿把九个太阳神射死，自此便与人类结下仇恨。而后世人把帝俊创世的功绩和神力篡改，转嫁到了五帝头上歌颂流传，这使帝俊无比震怒。他联合了诸多主张灭世的邪神造出妖魔鬼怪并引发天地剧变，意欲灭绝世间万物。而另一个创世神伏羲则不愿意看见世界被帝俊毁灭，便同妹妹女娲联手对抗帝俊。双方相持数千年谁也没能消灭谁，最后伏羲女娲将自己封印，把帝俊等邪神幽禁在自己的梦境里保住了世界。但是一部分邪神逃过了此劫，帝俊也没有被完全封住，他的法宝河图洛书流落到了世间，在秦始皇寻求不老不死之道时找到了河图洛书，引来了帝俊的儿子季狸附身在胡亥身上。季狸本欲操控秦始皇实行暴政制造血煞天劫，但没料到吸收了大量怨灵力量的秦始皇反过来将他镇住，直到玩家打败秦始皇使季狸得到了解放，回复了妖力。
洛神将法宝八卦交给玩家，告诉他这是父亲伏羲参悟河图洛书后制造的调和宝物。并启用法宝八卦将玩家传送至昆仑仙虚会见西王母。（此处是善神阵营设计，如不需要可以跳过）
西王母告诉玩家，帝俊虽是自己的父亲，但灭世主张是错误的。为此她联合了救世主张的神仙与灭世邪神势力对抗。而季狸苏醒后必定利用胡亥的皇权掀起腥风血雨，中原纷战必起，诸多邪神也不会袖手旁观。而河图洛书万物生存之道和分断阴阳只能已经被秦始皇胡乱的应用，天纲已被搅乱，人们的生死、命运、历史、将来都胡乱的缠绕到了一起。
目前唯一的方法就是让集合河图洛书八卦于一身，命格不在天纲之中，身具古神血统的玩家，前去蓬莱仙境说服没有卷入纷争的东方诸仙的相助。
而此时扶苏已联合诸多六国贵族组建反胡亥势力，大战一触即发。
