在《玄武豪侠传》世界中，包含了维系三界平衡的玄元二气，每五百年交替一次，在交替期间三界通道不稳，“元魔界”趁此祸乱世间，期能一举颠覆天运，而“玄仙界”的玄烨真人感应到了元魔界的行动，为解救仓生，和在人间界修练的十二位先知，组织成十二玄盟传授奇招绝学与修练密法，共同对抗入侵的元魔。
天汗元魔为了一举消灭对抗的势力，企图解开人间界水、火、风、雷四象天台封印，让元魔界门直接开启，派出魔界大军杀至人间界；然而解除四象天台封印最关键的钥匙就是皇室血脉，因而元魔将目标转移到皇室“雪菁公主”身上，并透过魔相贾似道，藉着为皇帝祈福增寿之名，将她软禁在少昊陵中，与外界隔绝。
玩家为了拯救“雪菁公主”，因缘巧合展露出的武学才华，被十二玄盟视为对抗元魔势力的新希望，自此展开力抗元魔、拯救雪菁公主、扞卫国土的天命之路！
