《十二之天2》的背景故事，其实就是很多人的人生，他们会经历很多，同样也充满了爱恨情仇，比如，杨逸天为了一个女人，背叛了自己的门派，又是为了这个女人，得罪了梦魇圣教，也是因为这个女人，杨逸天自己开宗立派，成立了天凛教。但是因为树敌太多，而且又锋芒毕露，所以啊，天凛教的覆灭是必然性的，或许，这里就体现出了中庸之道的作用吧，为人处事学会圆滑可以保身，杨逸天却学不会，所以呢，最后南宫晓月战死，天凛教圣石被夺，杨逸天和萧音也是下落不明，同时段慕云也明白了诛仙剑是萧音所盗，并非周无忌。  

虽然梦魇圣教联手神剑门将天凛教击溃了，但是正魔两派也着实受到了重创，实力损失过半，为了恢复元气，在神剑门段慕云和梦魇圣教厉我行的主持下，双防签订了互不侵犯的协议。在正魔联手剿灭天凛教的这场战斗中，唯独逍遥七盟置身事外，没有参与，所以正魔两派对逍遥七盟早就心存不满，所以在正魔两派互不侵犯协议签订不久，他们就开始针对逍遥七盟，逍遥七盟为求自保，七派合一，成立了逍遥派，天山盟盟主周无忌为第一任掌门，这就是邪派的成立。这样一来，三派鼎立，谁都不敢轻举妄动，不久之后，周无忌的女儿——圣女周轩翎出生了，这消息很快就传开了，梦魇圣教教主厉我行得知后，便亲自上门为次子厉还真求亲，但是被周无忌拒绝了，厉我行虽然恼怒，但是也不敢有什么举动。一个月之后，周无忌亲自提议签订互不侵犯协议，厉我行和段慕云很快答应了，稳定有序的江湖局面就这样持续了十七年。  

十七年后，当年和杨逸天一起失踪的萧音突然出现在烽火村，与他一起的有一个神秘女子，当年南宫晓月将自己的女儿托付给萧音后自己战死，目测这个神秘女子是南宫晓月与杨逸天的女儿杨碧瑶无疑。杨碧瑶与萧音一起回到早已被毁的天凛城，并且秘密聚集当年的一批属下，为了给众人提供足够的法力支援，萧音决定亲自前往梦魇圣教夺回天凛圣石。  

一年一度的春节到了，神剑门和逍遥派齐聚梦魇圣教天魔宫举行新春盛会，就在这个时候，一个黑影悄悄出现在梦魇圣教的藏宝阁，并且盗走了天凛圣石，梦魇圣教教主厉我行闻风赶到后与盗贼对拼一剑，却没有拦下对方，仍被其逃走了，而对方所用的武器，正是诛仙剑。